Fue el primer edificio religioso que se construyó en Querétaro hacia 1540 y se convirtió en el centro de desarrollo urbano mas importante de la Nueva España.
El Templo funcionó como catedral entre los años de 1865 y 1922. En el coro alto se conserva la hermosa sillería y en las fachada se aprecia el relieve del Apóstol Santiago, patrono de la ciudad.
Actualmente el ex convento alberga al Museo Regional de Querétaro, famoso por su sala prehispánica, su sala virreinal recientemente inaugurada, y sus diferentes espacios que narran los acontecimientos más importantes de la historia de México.