A expensas de don Diego de Tapia, Hijo de Don Fernando (Conín), fundador de la ciudad de Querétaro, se construyó este convento en 1606 para dar asilo a la vocación religiosa de su hija María Luisa del Espíritu Santo.
En la época virreinal, el Templo de Santa Clara fue uno de los más importantes y opulentos de la Nueva España.
Actualmente se conservan el templo y un pequeño anexo, pues durante la Guerra de Reforma fue destruida gran parte de la construcción.