La congregación de San Felipe Neri aparecio en Oaxaca en 1661, como una rama de la anterior Congregación del Oratorio.
La fábrica de la iglesia y de las casas anexas se comenzó a construir en 1733 y la obra fue concluida el 17 de enero de 1773, fecha en la que el obispo Miguel Ángel Anselmo Álvarez de Abreu consagró la iglesia bajo la advocación de la Virgen del Patrocinio y del fundador de la congregación San Felipe Neri.
Una vez agotada la institución a finales del siglo XVIII, la iglesia pasó a ser administrada por el clero secular.
En 1915, bajo el control del gobierno federal, fueron colocados los enrejados del atrio y posteriormente, hacia 1921, la pintura de las bóvedas. El 30 de noviembre de 1933 el templo fue declarado monumento histórico por el INAH.
El templo de San Felipe Neri es una extraordinaria muestra del barroco de finales del siglo XVII; sirve de ejemplo específico para distinguir cómo en un mismo edificio se concentran dos temperamentos arquitectónicos: el austero, conservador y observante de cánones; y el desbordado e imaginativo que no parece detenerse ante ninguna regla ni límite.
En la parte central de la portada destaca la imagen de San Felipe. Cuenta con una variedad de retablos al dorado entre los cuáles algunos se consideran de los más admirables en la ciudad.
En 1841 tuvo ocasión el matrimonio de Don Benito Juárez Garía con Doña Margarita Maza en este templo.