Este es uno de los conjuntos arquitectónicos más bellos de Morelia. Se ubica en la esquina de Nigromante y la Avenida Madero, muy cerca de la Catedral.

La Compañía de Jesús llegó a la Nueva España en 1572 y en 1574 se establecieron en Pátzcuaro, ciudad que era sede de los poderes civiles y religiosos del estado. Su labor era evangelizar y educar a los hombres de la recién creada nación.

En 1580 los poderes y los misioneros se mudaron a Valladolid. Los misioneros primero se instalaron en un pequeño recinto, del mismo terreno donde ahora se encuentra el Palacio Clavijero.  El Antiguo Colegio de San Francisco Javier comenzó a ser edificado el 2 de diciembre de 1660, bajo las órdenes del obispo de entonces, Marcos Ramírez del Prado.