Espacio cultural que se ubica en el interior del conocido Palacio de Cortés, la muestra se integra por 19 salas; en la planta baja del Museo se exhiben materiales paleontológicos y arqueológicos, así como otros que datan de la época de la Conquista.
En la planta alta se encuentran salas con las aportaciones de España al Nuevo Mundo. Las estancias más interesantes son: Marquesado del Valle de Oaxaca, Comercio con Oriente, Arte Religioso, Del Siglo XIX hasta el Porfiriato, Revolución, Etnografía y el Morelos contemporáneo.
Al finalizar el recorrido se pueden observar una serie de murales realizados en la terraza del segundo nivel por Diego Rivera hacia 1930. En ellos el artista guanajuatense plasmó escenas relativas a la historia del estado. Ocho años más tarde, Salvador Tarajona decoró el Salón del Congreso.
Cuenta con un auditorio que tiene capacidad para 140 personas cómodamente sentadas y sala de exposiciones temporales.