La Iglesia de San Juan Bautista se construyó sobre los restos de lo que en época prehispánica existió como un Calmecac (era la escuela para los hijos de los nobles aztecas).  su edificación fue concluida a finales del siglo XVI.

En una primera etapa la administración del templo estuvo a cargo de los franciscanos, después pasó a manos de los dominicos y finalmente en 1921 se pone nuevamente a cargo de los franciscanos; allí establecen el colegio de las Tres Provincias.

El interior de la parroquia está decorado con pinturas y retablos de la época del barroco. Custodiados en este recinto tan lleno de historia y significación artística, destacan temas como: la visión de Santa Teresa, la vida de la Virgen, las vidas de los santos, la toma del hábito de Santa Clara y la estigmatización de San Francisco, Santo Domingo y San Juan.