Se considera a fray Juan de San Miguel como el fundador de la ciudad, alrededor de 1531, aunque se conoce que había distintos grupos étnicos establecidos en la zona antes de la llegada de los españoles. El último Caltzontzin (gobernante purépecha), Tanganxoan II, se refugió durante un tiempo en Uruapan, escapando del conquistador Cristóbal de Olid.

Como sucedió en otras partes del estado de Michoacán, los sacerdotes procedentes de España reunieron a los nativos de la región, pues a la llegada de los conquistadores estos se habían alejado de los pueblos donde habitaban.  Fray Juan de San Miguel organizó a los indígenas en comunidades y se instalaron en nueve barrios, bautizados con nombres de santos, cada uno con sus propios centro, escuela e iglesia. Los curas les enseñaban a labrar la tierra, a realizar artesanías y a vivir en unión y paz. También se construyeron los famosos hospitales, de los cuales sobresale la Huatapera, que aún se puede admirar en el centro de la ciudad.

En la época de la Independencia de México (1810-1821) en Uruapan, zona donde hubo varios conatos de violencia en contra de la ocupación ibérica, se estableció el Primer Congreso de Anáhuac.
Durante una visita que hizo don José María y Pavón a la ciudad se comenzó a preparar la Constitución Política de México, promulgada en Apatzingán. Después de la guerra, en 1831, se le otorgó la categoría de municipio.

El 28 de noviembre de 1858, Uruapan recibió el título nobiliario de “Uruapan del Progreso”.  Debido a los problemas políticos que acosaban a Valladolid (hoy Morelia), se trasladó la capital del estado a Uruapan en 1863 y así permaneció hasta el 18 de febrero de 1867. Después de la guerra de reforma, hubo varios enfrentamientos en la ciudad. El Coronel Imperialista Ramón Méndez, acorraló a las fuerzas liberales del General Arteaga, quien fue traicionado y atrapado en Santa Ana Matlán junto con Arteaga, Salazar, Jesús Díaz, Trinidad Villagómez y Juan González, y fueron sacrificados el 21 de octubre de 1865. Estos luchadores son conocidos como los Mártires de Uruapan.

Con esto termina el recorrido al archivo histórico de Uruapan, pero no así el recorrido a sus entrañas y a sus maravillas.