La Compañía de Jesús fue de las primeras congregaciones religiosas establecidas en Oaxaca, y muy pronto extendieron su acción evangelizadora por los pueblos de las regiones zapoteca y mixteca, donde algunos sacerdotes predicaban en las lenguas locales.
Llegados a Oaxaca en 1576, fundaron el Colegio Seminario de San Juan, ubicado junto al templo de Nuestra Señora de Las Nieves y posteriormente abrieron otros centros de enseñanza. Alrededor de 1579 iniciaron la construcción de su templo y convento en el centro de la población, al poniente de las Casas Reales. Allí se cambiaron en 1596 debido a problemas de jurisdicción con los dominicos, aunque el templo no estaba terminado.
El Convento y Templo de la Compañía fueron entregados al obispo de Oaxaca a finales del siglo XVIII, con motivo de la expulsión de la Compañía de Jesús y fueron ocupados por las Monjas de la Concepción. Parte del ex-convento sería vendida y destinada a usos comerciales. El conjunto fue declarado Monumento Histórico en 1933 y en 1950 la Compañía volvió a administrar su templo.