Esta casa fue propiedad de Don Antonio Salanueva, encuadernador de libros por oficio y fraile lego de la Tercera Orden de San Francisco. Esta es una construcción característica de la casa oaxaqueña del siglo XVII, de un nivel, dos patios, baja y de muros de adobe. Aquí vivió de 1818 a 1828 Don Benito Juárez García, quien siendo niño, a los doce años de edad, llegó en busca de su hermana Josefa que trabajaba como sirvienta en la casa de la Familia Maza. Fue acogido por Don Antonio Salanueva quien lo adoptó, lo apadrinó, le facilitó recursos para su educación, le enseño las primeras letras y lo ayudó a ingresar al Seminario de la Santa Cruz y después al Instituto de Ciencias y Artes del Estado, donde estudió la carrera de abogado, para continuar su ascendente trayectoria hasta llegar a ser Presidente de México.
En el año de 1906, cuando se celebró el centenario del nacimiento del Benemérito, el entonces Gobernador, Don Emilio Pimentel, en nombre del Gobierno del Estado adquirió la casa para poder reunir ahí todos los objetos que pertenecieron a Juárez. La casa fue convertida en museo y abrió sus puertas en el año de 1933, sirviendo desde entonces para alojar parte de los documentos y facsimilares que contienen la historia del Benemérito, ilustrar los movimientos históricos de su tiempo así como exponer objetos y documentos de la Guerra de Independencia, la Reforma y la intervención francesa. El mobiliario que existe en la casa no es original de la época, sin embargo logra recrear el ambiente de aquellos años en que Benito Juárez habitó aquí.
En el año de 1974 se llevó a cabo la primera obra de rehabilitación de la casa debido al mal estado en que se encontraba la construcción así como para aumentar su acervo. En 1991 cerró sus puertas y fue hasta el 21 de Marzo de 1996 cuando fue reinaugurado el museo. Ahora guarda microfilmes y alrededor de 200 documentos facsimilares, además de contar con salas de exposición.