El templo tuvo su origen de una pequeña capilla en donde se veneraba a la virgen de Cosamaloapan.
En 1734 se comenzó la construcción un convento para albergar a las hermanas de Santa Clara de Asís. Tres años después el lugar fue ocupado por una comunidad de monjas y por hijas de los caciques del lugar y de las hijas de los principales indígenas de Michoacán.
La arquitectura del templo es única en la ciudad ya que la fachada, esbelta y rematada con un gran piñón, no es de doble portada, lo cual era indicio de que pertenecía a religiosas. La ventana del coro es un nicho con una escultura en el centro. El estilo es barroco popular. Un incendio en el templo acabó con el altar mayor, pero se pudieron rescatar otros tres, de estilo churrigueresco. Sólo aquí y en el Templo de las Rosas se conservan retablos originales del siglo XVIII. Su torre sobresale entre las torres de la ciudad.
En 1901 se demolió el convento y se construyó un edificio para oficinas del gobierno.
Enfrente de la iglesia se aprecia la plazuela Vasco de Quiroga, conocida como Jardín de Capuchinas.