Este gran edificio era originalmente un almacén y central de abasto y fue construido a principios del siglo XIX.

El 28 de septiembre de 1810 las fuerzas realistas y los españoles se resguardaron aquí ante el ataque de las fuerzas al mando de Miguel Hidalgo y Costilla. Pero los revolucionaron lograron entrar y tomar el fuerte. De hecho la figura de un minero al que apodaban “El Pípila” fue esencial en esta batalla, pues él mismo incendió la puerta y entró escudado por una gran piedra, abriéndoles paso a sus compañeros. En esta pelea muchos cayeron, entre ellos quien mandara construir la Alhóndiga, el intendente Juan Antonio de Riaño y Bárcena.
Este lugar quedó en manos de los insurgentes, hasta que después de la batalla de Aculco (7 de noviembre de 1810) Allende decidió abandonar Guanajuato, quedando así la ciudad sin ningún tipo de autoridad y los prisioneros fueron liberados.

El 14 de octubre de 1811 algunos líderes de la Independencia fueron asesinados y decapitados, y las cabezas de Aldama, Allende, Mariano Jiménez y el mismísimo Hidalgo fueron colgadas en cada esquina de la Alhóndiga para mostrar a todo el “no español” rebelde lo que les podría suceder.

Después de la guerra, el edificio fue convertido en almacén de tabaco y cuartel militar hasta que en septiembre de 1864 Maximiliano de Habsurgo ordenó convertirlo en prisión.

En 1949 el inmueble se convirtió en el Museo de la Alhóndiga de Granaditas y nueve años después en el Museo Regional.
Cuenta con 18 salas de exposición (15 permanentes y tres para exposiciones temporales) y cuenta con un acervo de más de nueve mil objetos de valor histórico-cultural.

Es de estilo neoclásico, de cantera y mampostería, y su fachada mide aproximadamente 75 metros de largo, 68 metros de ancho y 23 metros de altura.

Dirección: Calle Mendizábal No. 6. Centro. Horarios: Martes a Sábado de 10:00 a 17:45 hrs. Domingos de 10:00 a 14:45 hrs. Admisión: $49 pesos. Entrada gratuita a Menores de 13 años, Jubilados, Pensionados, Mayores de 60 años, Estudiantes y Maestros nacionales con credencial vigente obligatoria. Cámara Fotográfica: $30 pesos. Cámara de Video: $60 pesos.