Es conocido como Parroquia de Natividad, fue creado en el siglo XVI y forma un conjunto con el Ex Convento de Natividad. La parroquia dispone de un amplio atrio en el que se encuentran 4 capillas posas (capillas que servían para posar ahí al Santísimo en las procesiones de la celebración de Corpus Christi, estaban hechas de piedra y se situaban en las esquinas del atrio) y una cruz atrial cuyas puntas terminan en forma de flor de lis, emblema característico de la Orden de los Frailes Dominicos. La fiesta religiosa más importante de la Iglesia de Tepoztlan se lleva a cabo el 8 de septiembre, juntamente con las celebraciones del Reto al Tepozteco.